Direttori
Determinante per l'impronta culturale dell'Istituto è stata la personalità e l'opera di alcuni direttori: oltre al primo, il matematico Gregorio Fontana, è da ricordare, nella fase iniziale, la pur breve presenza di letterati come Aurelio de' Giorgi Bertola e Juan Andrés e il teologo giansenista Giuseppe Zola; più tardi spiccano gli eruditi e i professori: Luigi Lanfranchi che stese una Nota delle carte relative alla Biblioteca della R. Università di Pavia dal 1772 al 1834 e portò a termine il catalogo delle dissertazioni e degli atti accademici, Vittorio Piccaroli, primo storico della Biblioteca, Carlo dell'Acqua, studioso di arte pavese, il geofisico Luigi De Marchi, scienziato di buona fama, e ancora il letterato Filippo Salveraglio.
Sotto la direzione di Ester Pastorello, prima donna a ricoprire quest'incarico, s'inaugura un periodo di rinascita, anni in cui la riorganizzazione dei servizi e la sistemazione di alcuni fondi si accompagnano ad una ripresa di interesse per il materiale archivistico.
Elenco dei direttori
| Gregorio Fontana (1778-1784) | Aurelio de' Giorgi Bertola (1784-1786) | Costantino Gianorini (1787-1799; 1801-1803) | Juan Andrés (1799-1800) |
| Giuseppe Zola (1803-1806) | Elia Giardini (1806-1825) | Luigi Lanfranchi (1825-1845) | Giovanni Maria Bussedi (1846-1860) |
| Vittorio Piccaroli (1860-1878) | Carlo dell'Acqua (1879-1883) | Luigi Zapponi (1884-1887) | Luigi De Marchi (1888-1903) |
| Filippo Salveraglio (1903-1922) | Girolamo Dell'Acqua (1922-1926) | Augusto Riccio di Solbrito (1926-1927) | Ester Pastorello (1927-1933) |
| Paolo Nalli (1933-1934) | Leandro Zancan (1934-1936) | Agata Lo Vasco (1936-1941) | Teresa Rogledi Manni (1941-1942) |
| Tullia Gasparrini Leporace (1942-1951) | Gustavo Vinay (1951-1955) | Silvano Gerevini (1955-1973) | Maria Jole Minicucci (1974-1976) |
| Maria Anfossi (1973-1974, 1976-1979) | Stefania Guardati (1979-1982) | Maria Anfossi (1982-2000) | Anna Maria Stella (2000-2005) |
| Maria Letizia Sebastiani (2005-2006) | Alessandra Bracci (2006-2014) | Maria Paola Invernizzi (2014-2015) | Cecilia Angeletti (2015-2021) |
| Marzia Dina Pontone (2021-) |