BIOINFORMATICA STRUTTURALE
2017/2018
2017/2018
DM270
INF/01 (INFORMATICA)
DIPARTIMENTO DI BIOLOGIA E BIOTECNOLOGIE "LAZZARO SPALLANZANI"
BIOTECNOLOGIE AVANZATE
PERCORSO COMUNE
SECONDO SEMESTRE (01/03/2018 - 14/06/2018)
6
48 ore di attività frontale
Italiano
ORALE
CARUGO OLIVIERO ITALO (titolare) - 6 CFU
Conoscenze di primo livello in chimica organica e inorganica, fisica chimica, biologia molecolare, biochimica, biologia strutturale e statistica.
Il Corso si propone di fornire allo studente gli strumenti conoscitivi e metodologici necessari per:
1) comprendere e prevedere le strutture secondarie, terziarie e quaternarie delle proteine;
2) comprendere i metodi di validazione degli strumenti previsionali;
3) conoscere e utilizzare le principali banche dati utili alla biologia strutturale.
Il corso si divide in tre parti principali. (1) Si richiama e approfondisce la
conoscenza della struttura tridimensionale delle proteine e dei loro complessi e si introduce l’uso
della grafica molecolare per rappresentare strutture complesse. (2) Si presentano le principali
tecniche di previsione strutturale (struttura secondaria, disordine conformazionale, accessibilità al
solvente, struttura terziaria – modellazione per omologia e per riconoscimento di fold – struttura
quaternaria, annotazione funzionale) oltre alle banche dati di interesse strutturistico (PDB, CATH,
SCOP etc.) e alle strategie di aggiornamento professionale. (3) Si approfondisce la conoscenza di
alcune tecniche computazionali utili alla bioinformatica strutturale, quali le macchine a vettori di
supporto, le reti neurali artificiali, la meccanica e la dinamica molecolari.
Lezioni frontali durante le quali sono affrontati sia argomenti teorici sia problemi pratici.
(i) Appunti di bioinformatica strutturale per biologi, biotecnologi e chimici. Carugo Oliviero, 2011, Pavia University Press.
(ii) Protein Bioinformatics: From Sequence to Function. M.Michael Gromiha, 2010, Academic Press.
Colloquio orale volto a accertare le competenze acquisite e la comprensione dei principali strumenti di calcolo per la previsione strutturale, tra cui la capacità di utilizzare gli strumenti informatici di grafica molecolare. Ogni studente potrà scegliere un argomento di esame e il docente ne sceglierà altri due.